Wody powierzchniowe
Rzeka Biebrza bierze swój początek u podnóża Wzgórz Sokólskich, na południe od miejscowości Nowy Dwór, na wysokości 157,5 m n.p.m. Początkowo Biebrza płynie przez obszar wysoczyzny w kierunku północnym, w wąskiej dolinie o licznych zakolach. Po opuszczeniu wysoczyzny wypływa na obszerną pradolinę, zwaną Kotliną Biebrzańską. Tutaj wpływa do Biebrzy pierwszy prawy dopływ – rzeka Nurka. Na obszarze Basenu Górnego rzeka Biebrza przyjmuje ogólny kierunek zachodni. Szerokość doliny w tym miejscu ma do 4-5 km. Na tym odcinku jest zasilana przez lewobrzeżne dopływy spływające z obszaru wysoczyzny (rzeka Sidra, Kropiwna, Kamienna) oraz dopływy prawobrzeżne spływające z terenu Sandru Augustowskiego (rzeka Niedźwiedzica, Lebiedzianka z jej dopływem Jastrzębianką). Następnie rzeka Biebrza skręca na południowy zachód, gdzie płynie przez przewężony odcinek doliny o szerokości do 2 km. W okolicach Sztabina Biebrza wypływa na rozległy obszar Basenu Środkowego, gdzie szerokość doliny wynosi od 15 do 30 km. W środkowym biegu Biebrza jest zasilana przez rzekę Nettę i Ełk z jej dopływem Jegrznią. Tutaj uchodzi największy lewy dopływ Biebrzy - Brzozówka, płynąca zabagnioną doliną z Wysoczyzny Białostockiej. Pozostałe lewobrzeżne dopływy to niewielkie cieki spływające z obszaru wysoczyzny: Biebła, Boberka i Czarna Struga. Biebrza płynie w kierunku południowo-zachodnim, lewym skrajem doliny, wzdłuż krawędzi wysoczyzny. Pod Goniądzem rzeka Biebrza płynie w kierunku zachodnim, zatacza szeroki łuk i dalej w kierunku południowym. Poniżej Osowca do Biebrzy uchodzi Kanał Rudzki i wypływa ona na obszar Basenu Dolnego. Początkowo Biebrza płynie środkiem doliny, a następnie zachodnim jej skrajem, wzdłuż krawędzi Wysoczyzny Kolneńskiej. Jej lewy brzeg stanowi natomiast rozległa bagienna dolina. Na tym odcinku uchodzi do Biebrzy Klimaszewnica i Wissa oraz lewostronny dopływ Kosódka. W dolnym biegu Biebrza jest kręta i tworzy liczne boczne koryta oraz starorzecza. Ujście rzeki Biebrzy do Narwi znajduje się w okolicy wsi Ruś, na wysokości 99,6 m n.p.m. Powierzchnia zlewni Biebrzy wynosi 7057,4 km2, a długość rzeki to 162,8 km (w tym 156,5 km w granicach Biebrzańskiego Parku Narodowego). Oznacza to, że źródła Biebrzy znajdują się poza Parkiem.
System rzeczny rzeki Biebrzy charakteryzuje się dużą asymetrią. Prawobrzeżne dorzecze jest bardziej rozwinięte i stanowi 75,5% całości, natomiast część lewobrzeżna jedynie 24,5%. Średni spadek Biebrzy od źródeł do ujścia wynosi 0,36‰, natomiast na obszarze doliny jest o połowę mniejszy - 0,15‰.
Średni roczny przepływ Biebrzy (SSQ) w okresie 1951-1995 wyniósł odpowiednio w Sztabinie - 4,86 m3/s, w Dębowie - 12,6 m3/s, w Osowcu - 22,8 m3/s i Burzynie - 34,0 m3/s. Odpływ rzeki Biebrzy charakteryzuje się sezonowością. Charakterystyczne są wysokie wiosenne stany wód będące wynikiem wód roztopowych, które powodują rozległe zalewy doliny Biebrzy. Natomiast w okresie letnio-jesiennym obserwujemy głębokie niżówki, spowodowane stratami na ewapotranspirację. Dolina Biebrzy cechuje się największą w Polsce pojemnością retencyjną wynoszącą 500 mln m3 - porównywalną do pojemności największych w kraju zbiorników wodnych.
W XIX i XX w. przeprowadzono szereg prac hydrotechnicznych i melioracyjnych, które zmieniły obraz sieci hydrograficznej w dolinie Biebrzy. Zmiany te wynikały z regulacji koryt rzecznych, budowy sztucznych cieków (kanałów) oraz sieci rowów melioracyjnych mających na celu odwodnienie i osuszenie torfowisk.
Pierwszym obiektem hydrotechnicznym zmieniającym stosunki wodne był Kanał Augustowski, wybudowany w latach 1823-1838 do celów żeglugowych. Poniżej śluzy w Sosnowie trasa kanału biegnie przez otulinę i Park, wykorzystując skanalizowane koryto rzeki Netty aż do ujścia do Biebrzy w Dębowie. Kanał Augustowski budowany był głównie jako transportowa droga wodna łącząca Wisłę i Narew z Niemnem. Swoją podstawową funkcję, głównie jako szlak spławu drewna, spełniał do czasów międzywojennych. Po II wojnie światowej zaczęto go traktować jako szlak turystyki wodnej.
W latach 1846-1861 na obszarze Basenu Środkowego zostały wykonane kanały odwadniające, Rudzki i Woźnawiejski oraz kilka mniejszych, jak Kapicki i Łęg, które zmieniły w istotny sposób układ hydrograficzny tego terenu i do dnia dzisiejszego kształtują specyfikę siedlisk. Przejęcie całego przepływu wód rzeki Ełk przez Kanał Rudzki doprowadziło do powstania martwego koryta, które odprowadza jedynie wody opadowe z własnej zlewni. Natomiast Kanał Woźnawiejski przejął część wód rzeki Jegrzni wpływając na ich szybszy odpływ z odwadnianego terenu. Prace te wykonano głównie po 1844 roku, kiedy w Królestwie Polskim zapanował głód spowodowany mokrym latem i podtopieniem plonów. W konsekwencji administracja carska przeprowadziła szereg działań melioracyjnych, które miały przyczynić się do udostępnienia bagiennych łąk pod użytkowanie rolnicze, a tym samym doprowadzić do poprawy sytuacji ekonomicznej miejscowej ludności. Z tego samego okresu pochodzą melioracje wykonane w kompleksie leśnym Brzeziny Ciszewskie. W Basenie Dolnym cieki spływające z wysoczyzny i ginące w bagnach zostały przekształcone w rowy melioracyjne, uchodzące do Biebrzy. Tak powstała sieć rowów na Bagnie Ławki.
W okresie międzywojennym i powojennym przeprowadzono szereg prac melioracyjnych na Bagnach Kuwaskich. Wykonano szereg kanałów: Kuwaski, Szymański, Łamane Grądy, Pieńczykowski.
W latach 60. i 70. XX w. w zlewni Biebrzy przeprowadzono regulację rzek oraz melioracje odwadniające doliny rzek. Obecne dopływy Biebrzy, jak Klimaszewnica i dolna Kosódka, są ciekami sztucznie wyprostowanymi w celu osuszenia torfowisk. W Basenie Górnym przeprowadzono regulację rzeki Nurki, Niedźwiedzicy, Sidry, Lebiedzianki, Jastrzębianki i Biebrzy (powyżej ujścia Niedźwiedzicy) oraz wykonano szereg rowów melioracyjnych w dolinach tych rzek. W Basenie Środkowym uregulowana została dolna Brzozówka oraz część rzeki Ełk.
System rzeczny rzeki Biebrzy charakteryzuje się dużą asymetrią. Prawobrzeżne dorzecze jest bardziej rozwinięte i stanowi 75,5% całości, natomiast część lewobrzeżna jedynie 24,5%. Średni spadek Biebrzy od źródeł do ujścia wynosi 0,36‰, natomiast na obszarze doliny jest o połowę mniejszy - 0,15‰.
Średni roczny przepływ Biebrzy (SSQ) w okresie 1951-1995 wyniósł odpowiednio w Sztabinie - 4,86 m3/s, w Dębowie - 12,6 m3/s, w Osowcu - 22,8 m3/s i Burzynie - 34,0 m3/s. Odpływ rzeki Biebrzy charakteryzuje się sezonowością. Charakterystyczne są wysokie wiosenne stany wód będące wynikiem wód roztopowych, które powodują rozległe zalewy doliny Biebrzy. Natomiast w okresie letnio-jesiennym obserwujemy głębokie niżówki, spowodowane stratami na ewapotranspirację. Dolina Biebrzy cechuje się największą w Polsce pojemnością retencyjną wynoszącą 500 mln m3 - porównywalną do pojemności największych w kraju zbiorników wodnych.
W XIX i XX w. przeprowadzono szereg prac hydrotechnicznych i melioracyjnych, które zmieniły obraz sieci hydrograficznej w dolinie Biebrzy. Zmiany te wynikały z regulacji koryt rzecznych, budowy sztucznych cieków (kanałów) oraz sieci rowów melioracyjnych mających na celu odwodnienie i osuszenie torfowisk.
Pierwszym obiektem hydrotechnicznym zmieniającym stosunki wodne był Kanał Augustowski, wybudowany w latach 1823-1838 do celów żeglugowych. Poniżej śluzy w Sosnowie trasa kanału biegnie przez otulinę i Park, wykorzystując skanalizowane koryto rzeki Netty aż do ujścia do Biebrzy w Dębowie. Kanał Augustowski budowany był głównie jako transportowa droga wodna łącząca Wisłę i Narew z Niemnem. Swoją podstawową funkcję, głównie jako szlak spławu drewna, spełniał do czasów międzywojennych. Po II wojnie światowej zaczęto go traktować jako szlak turystyki wodnej.
W latach 1846-1861 na obszarze Basenu Środkowego zostały wykonane kanały odwadniające, Rudzki i Woźnawiejski oraz kilka mniejszych, jak Kapicki i Łęg, które zmieniły w istotny sposób układ hydrograficzny tego terenu i do dnia dzisiejszego kształtują specyfikę siedlisk. Przejęcie całego przepływu wód rzeki Ełk przez Kanał Rudzki doprowadziło do powstania martwego koryta, które odprowadza jedynie wody opadowe z własnej zlewni. Natomiast Kanał Woźnawiejski przejął część wód rzeki Jegrzni wpływając na ich szybszy odpływ z odwadnianego terenu. Prace te wykonano głównie po 1844 roku, kiedy w Królestwie Polskim zapanował głód spowodowany mokrym latem i podtopieniem plonów. W konsekwencji administracja carska przeprowadziła szereg działań melioracyjnych, które miały przyczynić się do udostępnienia bagiennych łąk pod użytkowanie rolnicze, a tym samym doprowadzić do poprawy sytuacji ekonomicznej miejscowej ludności. Z tego samego okresu pochodzą melioracje wykonane w kompleksie leśnym Brzeziny Ciszewskie. W Basenie Dolnym cieki spływające z wysoczyzny i ginące w bagnach zostały przekształcone w rowy melioracyjne, uchodzące do Biebrzy. Tak powstała sieć rowów na Bagnie Ławki.
W okresie międzywojennym i powojennym przeprowadzono szereg prac melioracyjnych na Bagnach Kuwaskich. Wykonano szereg kanałów: Kuwaski, Szymański, Łamane Grądy, Pieńczykowski.
W latach 60. i 70. XX w. w zlewni Biebrzy przeprowadzono regulację rzek oraz melioracje odwadniające doliny rzek. Obecne dopływy Biebrzy, jak Klimaszewnica i dolna Kosódka, są ciekami sztucznie wyprostowanymi w celu osuszenia torfowisk. W Basenie Górnym przeprowadzono regulację rzeki Nurki, Niedźwiedzicy, Sidry, Lebiedzianki, Jastrzębianki i Biebrzy (powyżej ujścia Niedźwiedzicy) oraz wykonano szereg rowów melioracyjnych w dolinach tych rzek. W Basenie Środkowym uregulowana została dolna Brzozówka oraz część rzeki Ełk.
Zmiany sieci hydrograficznej doprowadziły do szybkiego odpływu wód powierzchniowych oraz obniżenia się poziomu wód gruntowych. Odwodnienie terenów bagiennych wzdłuż wybudowanych kanałów, skutkowało zatrzymaniem procesów torfotwórczych i degradacją torfowisk w wyniku procesu murszenia, a dalej zmianą zbiorowisk roślinnych.
Wody podziemne
Zgodnie z regionalizacją hydrogeologiczną obszar zlewni Biebrzy znajduje się w prowincji niżowej, w regionie mazowiecko-mazursko-podlaskim, w subregionie pojezierzy. Zlewnia Biebrzy stanowi w całości jednolitą część wód podziemnych JCWPd nr 32.
Wody podziemne o znaczeniu użytkowym występują w utworach czwartorzędowych, a jedynie lokalnie, w strefie Basenu Dolnego doliny Biebrzy, w utworach czwartorzędowo-paleogeńsko-neogeńskich. Głównym zbiornikiem wód podziemnych są utwory czwartorzędowe. System wodonośny w tych utworach ma charakter wielopoziomowego zbiornika składającego się z naprzemianległych warstw przepuszczalnych piaszczysto-żwirowych, słabo przepuszczalnych glin zwałowych i mułków oraz bardzo słabo przepuszczalnych iłów. W piętrze wodonośnym czwartorzędu wyróżniono 4 główne poziomy: poziom przypowierzchniowy o zwierciadle swobodnym i poziomy międzymorenowe o charakterze naporowym. Najpłytszy poziom wodonośny zasilany jest wodami infiltracyjnymi w miejscu przebiegu wododziałów podziemnych. Główną bazę drenażu dla płytkiego systemu krążenia stanowi rzeka Biebrza, co sprawia, że główny przepływ wód podziemnych odbywa się w kierunku południowo-zachodnim. Koryto Biebrzy i doliny głównych jej dopływów (Netty, Jegrzni, Ełku, Wissy, Sidry i Brzozówki) stanowią rozwiniętą dolinną strefę drenażu wód podziemnych w stosunku do obszarów wysoczyznowych. Ponadto istotną rolę odgrywa tu intensywna ewapotranspiracja na obszarach bagiennych. Zasilanie wód podziemnych zachodzi w wyniku infiltracji opadów atmosferycznych do strefy wód przypowierzchniowych. Kolejne poziomy wodonośne są zasilane na drodze przesączania przez osady słabo przepuszczalne do głębiej położonych poziomów wodonośnych.